全二維氣相色譜聯用儀綜合了氣相色譜儀和質譜儀的優點，彌補了各自的不足，具有靈敏度高、分析速度快和鑒別能力強的特點，可同時完成待測組分的分離和鑒定。
全二維氣相色譜聯用儀可用于多組分混合物中未知組分的定性和定量分析，判斷化合物的分子結構，準確測定化合物的分子量，對生物樣品和體液中藥物及代謝物進行痕量分析，對揮發性成分可直接進行定性和定量分析。
儀器的靈敏度符合要求，儀器維護簡便，軟件操作簡單，能夠滿足職業衛生檢測領域中化學品揮發性有機組分定性分析和峰面積百分比測定的使用要求。
對不揮發性成分和熱不穩定的物質可進行適宜的衍生化再進行分析。氣相色譜質譜聯用儀已廣泛用于檢測、方劑研究和藥動學研究等，應用范圍越來越廣泛。
從氣相色譜儀分離后的樣品呈氣態，流動相是氣體，與質譜儀的進樣要求相匹配，容易將這兩種儀器聯用。
質譜儀具有靈敏度高和定性能力強等特點，但要求進樣純。氣相色譜儀具有分離效率高和定量分析簡便等特點，但定性能力較差。這兩種儀器若能聯用，可以相互取長補短，必將成為復雜有機化合物定性和定量分析的重要工具。
質譜儀是氣相色譜儀理想的檢測器，氣相色譜儀所用的檢測器，如氫火焰離子化檢測器、熱導池檢測器和電子捕獲檢測器等都具有局限性，而質譜儀能檢出幾乎全部化合物，靈敏度很高。所以，氣相色譜儀與質譜儀聯用后既發揮了氣相色譜儀的高分離能力，又發揮了質譜儀的高鑒別能力。
