全自動核酸質譜系統一般由樣品導入系統、離子源、質量分析器和檢測器組成，此外，還含有真空系統和控制及數據處理系統等輔助設備。
全自動核酸質譜系統檢測系統不存在雜交錯配干擾，無需熒光染料，直接以核酸片段的分子量大小為標記，適用于各種類型的核酸分析實驗。為生物醫學、臨床分子診斷、轉化醫學、腫瘤學、個體化醫療、微生物流行病學研究等多種核酸檢測領域帶來了新的契機。
1、有機質譜儀：
由于應用特點不同分為：
?。?）氣相色譜－質譜聯用儀（GC－MS）
在這類儀器中，由于質譜儀質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜－四極質譜儀、氣相色譜－飛行時間質譜儀、氣相色譜－離子阱質譜儀等。
?。?）液相色譜－質譜聯用儀（LC－MS）
同樣，有液相色譜－四器極質譜儀、液相色譜－離子阱質譜儀、液相色譜－飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜－質譜－質譜聯用儀。
?。?）其他有機質譜儀
主要有：基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀（MALDI－TOFMS）、傅里葉變換質譜儀（FT－MS）。
2、無機質譜儀：
包括：火花源雙聚焦質譜儀（SSMS）、感應耦合等離子體質譜儀（ICP－MS）、二次離子質譜儀（SIMS）等。
3、同位素質譜儀：
包括：進行輕元素（H、C、S）同位素分析的小型低分辨率同位素質譜儀和進行重元素（U、Pu、Pb）同位素分析的具有較高分辨率的大型同位素質譜儀。
4、氣體分析質譜儀：
主要有：呼氣質譜儀、氦質譜檢漏儀等。
